A FOP possui seis Programas de Pós-Graduação com níveis Mestrado e Doutorado, e um Programa de Mestrado Profissional, todos considerados como de excelência na Área de Odontologia. Os Programas objetivam a formação de docentes, pesquisadores e profissionais altamente qualificados para atender a demanda da sociedade, e capazes de elaborar estratégias de melhoria da qualidade de vida da comunidade local e/ou de outras regiões.
