A FOP possui seis Programas de Pós-Graduação com níveis Mestrado e Doutorado, e um Programa de Mestrado Profissional, todos considerados como de excelência na Área de Odontologia. Os Programas objetivam a formação de docentes, pesquisadores e profissionais altamente qualificados para atender a demanda da sociedade, e capazes de elaborar estratégias de melhoria da qualidade de vida da comunidade local e/ou de outras regiões.
As atividades de Pós-Graduação da Faculdade de Odontologia de Piracicaba foram iniciadas em 1962, com o Programa de Pós-Graduação em Ortodontia. Naquela época, a Faculdade de Odontologia de Piracicaba era um Instituto isolado de Ensino Superior do Estado de São Paulo e o programa não conduzia ao título de Mestre. Era um curso de especialização, composto por uma turma de 5 alunos cirurgiões-dentistas, sem nenhum vínculo docente. Somente a partir do ano de 1969, por meio da aprovação do Conselho Diretor da UNICAMP, o programa passou a oferecer o nível de Mestrado, exigindo dos alunos, além das atividades do próprio programa, a elaboração de uma dissertação de Mestrado na referida área. Em 1974, o programa foi credenciado pelo Conselho Fe¬deral de Educação, por meio do Parecer 3.733/74.
Com a implantação da Reforma Universitária no início da década de 70 e o apoio dos setores do Governo no desenvolvimento da Pós-Graduação Brasileira, a Faculdade de Odontologia de Piracicaba ampliou o oferecimento de Programas de Pós-Graduação.
Assim, em 1973, a área de Farmacologia ofereceu o Programa de Pós-Graduação denominado Farmacologia Aplicada à Clínica. Após cinco anos formando mestres, o referido curso passou por reestruturação mudando sua denominação para Bases Farmacológicas para a Terapêutica Medicamentosa.
No ano seguinte, em 1974, foi criado um Programa de Pós-Graduação de importância odontológica básica, chamado Morfologia e Biologia Buco-Dental que, em 1978 incorporou a área de Patologia, passando a ser denominado Biologia e Patologia Buco-Dental.
A partir de 1983, os Programas de Ortodontia, Bases Farmacológicas para Terapia Medicamentosa e Biologia e Patologia Buco-Dental estenderam suas atividades para o nível Doutorado. Neste mesmo ano também foram criados mais dois Programas de Pós-Graduação, ambos oferecendo o nível Mestrado denominados: Materiais Dentários e Radiologia Odontológica. Estes dois Programas passaram a oferecer o Doutorado em 1993 e 1994 respectivamente.
Em 1989, foi criado o Programa de Pós-Graduação em Fisiologia do Sistema Estomatognático, nível Mestrado, o qual, em 1999, foi fundido ao Curso de Pós-Graduação em Farmacologia Aplicada à Clínica, passando a denominar-se Curso de Pós-Graduação em Odontologia, composto à época por três áreas de concentração: Cariologia, Fisiologia Oral e Farmacologia, Anestesiologia e Terapêutica.
Em 1990, teve início o Programa de Pós-Graduação em Odontologia Legal e Deontologia, nível Mestrado, sendo o primeiro nesta área no Brasil e na América Latina. Em Março de 1995 este Programa estendeu as atividades para o Doutorado.
Em 1993 entrou em funcionamento o Programa de Pós-Graduação em Clínica Odontológica, oferecendo os níveis Mestrado e Doutorado em cinco áreas de concentração: Cirurgia e Traumatologia Buco-Maxilo-Faciais, Dentística, Endodontia, Periodontia e Prótese Dental.
Em 1999, de acordo com solicitação da Congregação da FOP/UNICAMP, e segundo a deliberação CCPG nº 82/99 e deliberação CONSU A-19 de 27/07/99, foi aprovada a reestruturação dos Programas de Pós-Graduação, sendo criado o Programa de Pós-Graduação em Estomatopatologia, níveis Mestrado e Doutorado.
Em 2003 foi aprovada a criação de mais uma área de concentração (Odontopediatria) ao Programa de Pós-Graduação em Odontologia. No ano de 2004, o Programa de Pós-Graduação em Ortodontia deixou de ser Programa, passando a ser área de concentração do Programa de Pós-graduação em Radiologia Odontológica. No ano de 2005, foi aprovada a criação de mais uma área de concentração (Saúde Coletiva) do Programa de Pós-Graduação em Odontologia.
Em 2007, o Programa de Pós-Graduação em Odontologia Legal e Deontologia deixou de ser Programa, passando a ser área de concentração do Programa de Pós-Graduação em Biologia Buco-Dental, e assim permanece até os dias atuais. A partir de 2010, a área de concentração de Ortodontia deixou de fazer parte do Programa de Radiologia Odontológica.
Assim, as atividades de Pós-Graduação da Faculdade de Odontologia de Piracicaba abrangem, de acordo com reestruturação proposta e aprovada, os seguintes programas de Pós-Graduação, Mestrado e Doutorado:
Biologia Buco-Dental, com áreas de concentração em:
- Anatomia
- Histologia e Embriologia
- Microbiologia e Imunologia
- Odontologia Legal e Deontologia (Mestrado)
Clínica Odontológica, com áreas de concentração em:
- Cirurgia e Traumatologia Buco-Maxilo-Faciais
- Dentística
- Endodontia
- Periodontia
- Prótese Dental
Materiais Dentários
- Materiais Dentários
Odontologia, com áreas de concentração em:
- Cariologia
- Fisiologia Oral
- Farmacologia, Anestesiologia e Terapêutica
- Odontopediatria
- Saúde Coletiva
Radiologia Odontológica
- Radiologia Odontológica
Estomatopatologia, com áreas de concentração em:
- Estomatologia
- Patologia